A 16. században a városra sötét évtizedek köszöntöttek. A törökkel szemben nem volt képes nagymértékű ellenállásra, így történhetett, hogy 1552 és 1683 között összesen tízszer cserélt gazdát. A vár körüli településrészek elnéptelenedtek, a lakosságot megosztották a reformáció és az ellenreformáció ellentétei. A Rákóczi-szabadságharcban a kurucok mellé álló Veszprémet a Sigbert Heister vezette császári csapatok 1704-ben kegyetlenül feldúlták.